自適應制備柱由于處理的樣品多，比分析柱子更容易受污染，所以，必要的前處理就顯得非常的必要。萃取、過濾、結晶、固相萃取等簡單的分離方法，如果用得上，而且還不是很麻煩，就要盡可能多的采用以去掉雜質。各種規格的玻璃柱子在實驗室里頭很容易得到，而且價格低廉，但玻璃柱子致命的弱點是它能承受的壓力很小，且非常容易破碎。當由于壓力太小而導致流動相流速很慢的時候，高位液面或加高壓空氣（或者氮氣）的采用是一個簡單的解決辦法。在底下加真空，也能在一定程度上解決這個問題。

　　自適應制備柱分離性能測試的步驟：

　　①考慮到填料由分析級直接放大到制備級的因素，如果要純化大量的化合物，需要考慮分析柱的規格和可作為制備柱的填料粒徑（10mm或更大）；作為在下一步純化產品量更大的項目，必須考慮選擇更大的填料粒徑和更大內徑的色譜柱，在與分析柱相同的填料下對產品進行純化。

　　②對分析柱（4.6mm內徑或更小）選擇性的研究，應在多種填料和多種色譜條件下進行選擇，可以采用一些商品的液相色譜條件選擇軟件進行多種色譜模式的比較選擇，這樣可以縮短分離條件選擇的時間。

　　③在得到分離條件后，需要對分析柱上樣品的承載量進行測試，比較多種上樣量下產物的純度，選擇產物純度的上樣量。

　　④選擇制備柱的規格，要依據在分析柱上得到的上樣量數據，進行放大分離，通常選擇與分析柱相同粒徑的填料和色譜柱長度來達到推測制備分離的預測。放大制備柱的上樣量應基于制備柱和分析柱的交叉截面面積的比值來進行選擇。

　　⑤檢查制備色譜分離的結果和色譜餾出物的區域以及純度。